wetbench_news: Science & Prostitution

(1) Scientist announces that she is call girl and blogger Belle de Jour.

fr
La recherche, c'est la misère! Aidez un chercheur: Faites un don (pizzas et bières acceptées).

Pour en savoir plus sur Dr Brooke Magnanti (alias Belle de Jour), une spécialiste en neurotoxicologie et d'épidémiologie du cancer qui a dû se tourner brièvement vers la prostitution pour un support financier durant ses études de thèse, vous pouvez consulter Wikipedia, ou visiter le blog de Belle de Jour.

Si quelqu'un veut faire un film sur ma vie, vous n'avez qu'à me contacter. Contrairement au Dr. Magnanti, je n'ai rien à vous raconter mais on pourrait peut-être faire comme ces films français où il ne se passe rien pendant deux heures mais que les critiques aiment quand même.

Let's be frank, postdocs are not well paid

Belle de Jour: On science and prostitution, New Scientist

en
Life in research is tough. Help save a scientist: Send food (will accept beer).

To find out more about Dr. Brooke Magnanti (a.k.a Belle de Jour), a specialist on neurotoxicology and cancer epidemiology who turned to prostitution for financial support during her Ph.D. studies, you can visit Wikipedia or Belle de Jour's blog.

If anyone wants to make a film about my blog or my life, please contact me. Unlike Dr. Magnanti's story, mine is not interesting but perhaps we can make one of those artsy French movies where nothing happens during two hours but appreciated by critics.

wetbench_41 - Idénergie renouvelable

fr
Je cherchais à illustrer une idée brillante... et, par les temps qui courent, mieux vaut la faire à basse consommation.

en
I was looking to illustrate a bright idea... and nowadays, I should also make it energy-saving.

wetbench_40 - Troll d'Hallowe'en

fr

Savez-vous comment on dit 'Trick or treat' en français? Bêtise ou friandises? Sucreries ou mauvais tour? Petites gâteries ou emmerderies (néologisme)? Je ne devrais pas trop me casser la tête car, de toute façon, l'Hallowe'en n'est pas trop célébré là où j'habite. Pour ceux qui vont faire la fête ou passer de porte à porte, attention aux abus de bonbons!

en

J: Trick or treat!

A: This is blackmail!
J: You betcha!
--

Hallowe'en isn't much celebrated where I now live, but for those of you who will be celebrating the event this week-end, enjoy (and watch out not to go overboard)!

wetbench_39 - Organismes synthétiques et transposons

fr
(*) Des scientifiques du J. Craig Venter Institute développent de nouvelles techniques qui permettraient de créer un génome bactérien de toute pièce. Ces micro-organismes seraient ainsi complètement synthétiques.

Par ailleurs, une découverte parue cette semaine dans la revue Nature nous révèle que 74% du matériel génétique du mildiou de la patate, maladie à l'origine de la famine et de l'exode irlandaise au 19e siècle, est composé d'éléments transposables. En gros, près de 3/4 du génome de ce pathogène est composé de 'cochonneries' génétiques répétitives, énergétiquement très coûteux à maintenir. Pire, ces séquences sont instables et sont donc sources de mutations! Alors pourquoi les conserver? Les transposons peuvent certes être la cause d'effets délétères mais, chez le mildiou, il semblerait que les changements qu'ils génèrent contribuent à déjouer les défenses de l'hôte. Sans ces transposons, il n'y aurait peut-être pas de défilés annuels de la Saint-Patrick à New York ou sur la rue Sainte-Catherine à Montréal!

Mais pour revenir aux bibittes artificielles des chercheurs du JCVI, s'ils construisaient deux populations de bactéries complètement identiques à l'exception que l'une contiendrait des transposons et que l'autre en serait dépourvue, laquelle se porterait mieux, à terme et dans un environnement changeant?

en

(*) New methods allow for the rapid engineering of bacterial chromosomes and the creation of extensively modified bacterial species; should also play key role in boot up of synthetic cell.

J: Yay! We've just been synthesized! ...So why the sad face?
K: Dude, they've made me with transposons!

In the news recently, scientists at the J. Craig Venter Institute find methods that should allow for the synthesis of living organisms, from scratch.

Another story published this week in Nature reveals that the genome of potato blight - the disease held responsible for the Irish famine and subsequent exodus in the 19th century - is mostly (3/4) made up of transposons. These are repeated genetic 'crap' that are energetically costly to maintain and that are highly unstable. Thus, they can be the cause of deleterious genetic mutations. So why keep these elements? Well, mutations are changes, and in the case of potato blight, change seems to be important for the pathogen to outsmart host defenses. Imagine: without transposons, there may not be St-Patrick's day parades in New York or on Montreal's Sainte-Catherine street!

So, getting back to the synthetic bugs of the JCVI researchers, if they were to synthesize two populations of organisms, one with and the other without transposons, which one would fare better in the long-run and in a changing environment?

wetbench_38 - Wetbench 2.5-D

fr

Voici un outil publique du gouvernement américain pour visualiser les protéines en 3D.

Un peu de la même manière que le projet de recherche d'intelligence extra-terrestre SETI@home, Folding@home est un système distribué qui emprunte la puissance de votre ordinateur, lorsque vous ne l'utilisez pas, pour calculer des repliements proteiques. Ces opérations complexes demandent beaucoup de temps de calcul, alors vous pouvez mettre à contribution votre processeur en téléchargeant une petite application sur le site du projet Folding@home.

en
C: Nice looking 3D protein structures!
A: Yeah, They're some of the few results coming out of the Folding@home project.
C: 3D is so over-rated for 2D people like us...
A: Huh?!? Geez, this is weird...
C: Well, technically speaking, we're still in 2D.

Here's a publicly available tool from the U.S. government that will allow you to visualize 3D structures of proteins.

Somewhat like the Search for Extra-Terrestrial Intelligence project SETI@home, Folding@home is a distributed computing system that borrows your computer, when you are not using it, to calculate protein folding. These complex operations require a lot of computing time and power so you can contribute your processor to the project by installing a little program that you can download from the Folding@home web site.

wetbench_37 - June News

fr

(1) Les nouvelles du mois de juin tournent autour du masque:

En politique française, le décret 'anti-cagoules' interdit désormais de se couvrir le visage lors de manifestations publiques;

Côté spectacles, décès de Michael Jackson, un adepte notoire du port du masque (je pense que je n'ai pas besoin d'indiquer un lien à la nouvelle);

Autour de la médecine, de la science et des politiques sanitaires, la grippe A(H1N1) passe en phase 6 du niveau de pandémie. Vous pouvez analyser vous-même les séquences du virus sur le site du NCBI.

Bref, il faut éviter de faire grève cet automne en France (foule sans masque en période de pandémie - le roi du pop n'a plus à se soucier de ces problèmes).

en

(1) The mask seems to be a common theme for a number of news this month:

In French politics, president Sarkozy's government has banned masks from public demonstrations;

In entertainment, pop artist and notorious mask-wearing adept, Michael Jackson, has passed away;

In science, medecine and public health, the A(H1N1) flu is now a phase 6 pandemic alert. You can analyse for yourself the virus' sequences on the NCBI's web site.

Perhaps there will be less strikes in France this coming Fall (unprotected public gatherings during pandemic times, we may all go the way the king of pop did).

wetbench_36 - Extractionator part II

fr
Lisez-vous les instructions?
a) Toujours
b) Souvent
c) Parfois
d) Jamais

en
A: Hey, let's try the Extractionator on a plant of Arabidopsis!
* Splotch! *
A: Whoa, maybe it needs some fine-tuning.
C: Cool! Now, can we try it out on a mouse?
B: Uhm, I suggest that we first read the instruction manual.

wetbench_35 - Extractionator

fr
Pour mes collègues français, remplacer "donuts" par "croissants" - quoique, depuis que je travaille en France, j'ai trouvé que ce n'est pas coutume pour les représentants de servir des trucs à bouffer.

en
D: Good morning and thank you for your attention. Today, I will present to you Wetbench Inc.'s latest innovation in lab automation technology.
(A: What, no donuts???)
D: Please allow me to introduce the Extractionator XP-2PQ(TM)!
A, B and C: Oooooh!...
D: The Extractionator is our all-in-one solution to your DNA, RNA and protein extraction needs, your PCR needs and much more!
A: Can it serve coffee?
C: ...Or fresh beer?

wetbench_34 - Chocolate Synthetase

fr
Ah, si seulement je codais pour une Chocolate Synthetase endogène!
Joyeuse Pâques et attention de ne pas abuser du chocolat!

en
Don't you think that the Easter bunny is a freak of nature? It overexpresses a little known (unfortunately) exotic enzyme, the Chocolate Synthetase, and it's a mammal that lays eggs!
Happy egg-hunting!

wetbench_33 - Bière instantanée

fr
La bière se déguste mieux au Pub!

en
A: Hey C, what are you up to?
C: I'm inventing powdered beer, so that it is easier to carry on camping trips. I freeze-dried some beer, added a pinch of an endothermic catalyst... Then all we need to do is to re-hydrate with water and ethanol, and ta-da: Instant cold beer! Do you want to taste?
A: Uhmm, no thanks! It doesn't look very tasty...